BionetServer-No1. Q&A-Docker

[lab.magiconch.com][福音戰士標題生成器]-1727547630579

Version:1.1

Date: 2026.03.18

Authors：NeoNexus, dlq

Q&A：

[TOC]

Q&A：

问题零通过容器写入的文件无法运行？

容器的用户都是root身份，而UI登陆的是以用户的身份来登陆的，普通用户当然没有权限来操作root的内容，解决办法：

将文件修改成主机所有者，在容器的终端中使用命令

sudo chown UID 文件/目录路径

如果要修改某个文件夹的全部文件，可以使用：

sudo chown -R UID 文件/目录路径

UID信息在UI界面使用命令获取，比如：

打个比方，修改我在主机上：/Datasets/bionet/Dataset/A/ 文件夹的可以使用：

sudo chown -R 1001 /Datasets/bionet/Dataset/A/

这样这个文件夹下所有文件都可以正常使用。

R语言已经实现了UID的同步，所以没有这个问题。

这里放一个在Jupyter中修改权限的的例子：

# ls -alh
total 8.0K
drwxr-xr-x 2 root root 4.0K Apr 18  2022 .
drwxr-xr-x 1 root root 4.0K Jun  7 15:51 ..
# cd /tf 首先要到对应的文件夹下来操作文件
# ls -alh
total 6.9M
drwxrwxrwx  1 root root 4.0K Jun  7 15:51 .
drwxr-xr-x  1 root root 4.0K Jun  7 15:51 ..
drwxrwxrwx 11 1001 1002   14 Jun  5 05:03 Datasets
drwxrwxrwx  6 root root 6.8M May 26 06:23 NCZone
drwxrwxr--  6 1001 1001 4.0K Jun  7 15:30 Share_Space
drwxrwxrwx  1 root root 4.0K Sep  2  2023 tensorflow-tutorials
# cd Share_Space
# ls -alh
total 28K
drwxrwxr-- 6 1001 1001 4.0K Jun  7 15:30 .
drwxrwxrwx 1 root root 4.0K Jun  7 15:51 ..
drwx------ 4 root root 4.0K Jun  7 15:30 .Trash-0
drwxr-xr-x 2 root root 4.0K Jun  7 15:30 .ipynb_checkpoints
drwxrwxr-- 6 root root 4.0K May  4 11:07 PTM
drwxrwxr-- 2 1000 1000 4.0K Jun  7 09:13 TEST
-rwxrwxr-- 1 root root 2.2K Apr 23 15:11 test.py
# pwd
/tf/Share_Space
# sudo chown 1001 TEST
# ls -alh
total 28K
drwxrwxr-- 6 1001 1001 4.0K Jun  7 15:30 .
drwxrwxrwx 1 root root 4.0K Jun  7 15:51 ..
drwx------ 4 root root 4.0K Jun  7 15:30 .Trash-0
drwxr-xr-x 2 root root 4.0K Jun  7 15:30 .ipynb_checkpoints
drwxrwxr-- 6 root root 4.0K May  4 11:07 PTM
drwxrwxr-- 2 1001 1000 4.0K Jun  7 09:13 TEST
-rwxrwxr-- 1 root root 2.2K Apr 23 15:11 test.py

问题一容器重启之后无法连接？

容器重启之后ssh服务被中断，需要手动重启，打开portainer输入以下命令：

 service ssh restart

即可重新连接。

考虑是否有端口冲突，网络问题等，排查后仍无法连接请联系我

问题二创建一个Docker失败之后再次连接相同端口为什么不行？

因为ssh有校验措施，只能连接到同一台物理设备，当你的设备失效以后就无法使用，删除过去的key即可重新连接：

问题三关闭了VSCode代码就停止运行了？

实际上是这样的，SSH需要保持连接才能运行，不过不要紧我们使用命令来将代码任务注册到后台来持久运行，这样你的代码只需要在默认模式下调整好之后，在再使用如下命令即可保持运行：

当我们运行的代码的时候实际上就是在命令行中调用了命令：

我们需要将这个命令和nohup来结合实现运行不掉线：

同见问题五正确更新

按方向键盘的上键可以找到上一次运行的命令，当然运行之前要确认当前目录在哪里，是不是你想要的目录？

(base) root@77d5769f235a:/# cd /home/Share_Space/                          
(base) root@77d5769f235a:/home/Share_Space# ls
data  test.py
(base) root@77d5769f235a:/home/Share_Space# /opt/conda/bin/python /home/Share_Space/test.py

下面我们来使用nohup将任务保持在后台，格式如下：

nohup 你的运行命令 > output.file 2>&1 &

结合上边的命令，效果如下：

nohup /opt/conda/bin/python /home/Share_Space/test.py > output.file 2>&1 &

我们来运行一下：

同时可以看到，这里有了对应的输出文件，输出文件保存了所有输出：

当然运行完成之后文件显示的更加准确~

问题四 Bad owner or permissions on

如果出现**Bad owner or permissions on C:\Users\Administrator/.ssh/config > 过程试图写入的管道不存在。 >**的问题，该问题是config文件权限高，vscode不能修改造成的，两种解决办法第一种是修改原来C:盘的config文件权限；第二种是在其他盘新建一个config文件，用于存储远程连接用户，地址等基本信息。

第一种解决办法

a.找到.ssh文件夹。它通常位于C:\Users

b.右键单击.ssh文件夹，然后单击“属性”，选择“安全”

c.单击“高级”。单击“禁用继承”，单击“确定”。将出现警告弹出窗口。单击“从此对象中删除所有继承的权限”。

d.此时所有用户都将被删除。添加所有者。在同一窗口中，单击“编辑”按钮，单击“添加”以显示“选择用户或组”窗口。

e.单击“高级”，然后单击“立即查找”按钮。应显示用户结果列表。选择用户帐户。

f.后面一路点击确定便可。

记得重启电脑来刷新设置。

第二种解决办法

在除了C盘以外的文件夹新建config文件（空的就可以），在romote-SSH插件的扩展设置中，修改config文件的路径。

问题五 Python脚本使用nohup运行时，指定文件没有输出内容

此问题由戴珏泓发现

实际上为Python的缓存机制带来的问题，log存在缓存区中没有及时更新：

可以看到运行之后没有对应的输出;

解决方法：

cd进入脚本所在目录执行nohup命令，在命令的python路径与脚本路径之间加-u，强制输出不通过缓存直接打印

例如：

nohup /opt/conda/bin/python /home/Share_Space/metrics_ml/GA_xgboost.py 2>&1  &

改为：

nohup /opt/conda/bin/python -u /home/Share_Space/metrics_ml/GA_xgboost.py 2>&1  &

问题六创建容器提示Code Failed 500 代码错误

排查是否有以下几个问题：

①这一步中，需要修改的名字是否和你的账号名相同（大小写也要一致）

②端口是否和其他人的重复了？（其他人的端口号可以在Container界面右滑看到）

③检查内存设置是否合理，镜像是否有选择对

不要偷懒，直接复制这个错误的镜像号码，正确的镜像一般以bionet或者neonexus开头，下边是一个错误示范：

问题七如何给conda配置国内镜像源

切换容器的目录到/root下
在容器的/root目录下新建.condarc文件

复制以下内容到.condarc文件中并保存：

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch-lts: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  deepmodeling: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/

使用以下命令清楚缓存（想要恢复默认也使用这个）

conda clean -i

用 conda info 检查配置是否生效，确认 channel URLs 已经变成清华源地址。结果应该如下所示：

问题八如何开启容器的免密登陆

开启免密码登录方式如下：

首先打开你的ssh配置文件：

打开之后我们先放这里，等下再用。我们把这个路径叫做SSH配置路径，一定要记住这个路径，可以截图。

我们在windos文件管理器中打开这个文件夹：

这里分为两种情况，一种是你已经有了上述id_rsa.pub文件，如上图红框所示。

另一种情况是没有这个文件，如下所示：

如果你没有，我们打开本地的系统命令行：

输入以下内容：

ssh-keygen

这里会提示让你输入密钥文件保存在哪里，这里就要放在你刚才的那个路径的文件下面，就是在vscode设置中打开的路径。记住是文件夹，不是文件，文件夹通常名字为：“.ssh”。

输入之后一路回车下去直到看到这个图形生成：

这里就结束了，然后我们回过头打开这个文件，使用vscode或者记事本都可以，同时我们也打开远程服务器的这个目录下的文件：

这路径全名是：

/root/.ssh/authorized_keys

打开之后我们将刚才打开的id_rsa.pub文件中的内容复制过来，通常如下图所示：

然后我们回到最初打开的ssh配置文件，在你的电脑SSH配置路径上，如果没打开的话，我们还是点击这里打开：

添加一行内容：

IdentityFile "C:\Users\NeoNexus\.ssh\id_rsa"  这里的路径要修改成你的配置路径，要记得这里的id_rsa文件并不带pub后缀因为这是私钥

添加后效果如下：

记得Ctrl+S保存修改

重启VSCode就可以愉快免密码直接使用了

问题九 VScode 代码补全失效

Vscode代码补全静态检查等依赖于其对应的语言插件

手动开启可以尝试：

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